Der Vorgang der Umwandlung vom lebenden Gewebe der Pflanzen und Tiere in die organische Substanz des Bodens, den Humus, kann in vier Phasen unterteilt werden, die ineinander übergehen:

(1) Absterbephase

(2) Auswaschphase

(3) Zerkleinerungsphase

(4) mikrobielle Phase

Phase 1 und 2
Die Phasen 1 und 2 laufen ohne Beteiligung von Organismen ab. Sie bewirken z.B. die Aufspaltung von Pflanzeninhaltsstoffen mit großen Molekülen (z.B. Stärke, Chlorophyll) und die Auswaschung gut wasserlöslicher Verbindungen aus dem abgestorbenen Gewebe durch Regen- oder Bodenwasser.

Phase 3
In der Zerkleinerungsphase dagegen spielen im Boden lebende Kleintiere (»Boden-Mesofauna«: z.B. Gliederfüßer wie Milben, Springschwänze) eine entscheidende Rolle. Sie zerkleinern die Pflanzenstreu mechanisch durch ihre Fresstätigkeit und ermöglichen so die intensive Besiedlung der Streureste durch Mikroorganismen, z.B. Pilze und Bakterien (vgl. Torfbildung).

Springschwanz (Collembola) an toten Pflanzenresten

Phase 4
In der mikrobiellen Phase kommt es zum Abbau toter pflanzlicher und tierischer Gewebe durch die Mikroflora und -fauna des Bodens.

Bei den Zersetzungsvorgängen der vierten Phase werden zwei grundlegende Prozesse einander gegenüber gestellt:

Humifizierung und Mineralisierung sind natürliche Stoffumwandlungsprozesse bei der Bodenbildung.

Mineralisierung
Bei der Mineralisierung (auch: »Verwesung«) wird die organische Substanz vollständig bis hin zu einfachen niedermolekularen Endprodukten wie Kohlendioxid, Methan, Wasser oder mineralischen Salzen abgebaut.

Vertiefung: Mineralisierung bzw. Verwesung ist an den Zutritt von Luftsauerstoff gebunden. Sie führt bei Oxidationsprozessen unter Mitwirkung sauerstoffbedürftiger Mikroorganismen und bodenbewohnender Tiere schließlich zum vollständigen Abbau der organischen Substanz. Dabei bilden sich letztlich insbesondere Kohlendioxid (CO2) und Wasser. Zugleich werden die geringen Mengen der Nährsalze, die ursprünglich durch die Pflanzen aufgenommen wurden, wieder frei. Sie stehen dann stehen lebenden Pflanzen wieder zur Verfügung. Die organische Substanz »verschwindet« im Zuge der Mineralisierung als solche.

Humifizierung
Bei der Humifizierung werden aus der organischen Substanz toter pflanzlicher und tierischer Gewebe durch Umwandlungsprozesse Huminstoffe gebildet. Unter dieser Bezeichnung wird meist die dunkel gefärbte, formlose (= amorphe) organische Substanz des Bodens zusammengefasst. Huminstoffe sind Großmoleküle, die aus Spaltprodukten der ursprünglichen organischen Substanz aufgebaut sind. Sie sind gegenüber mikrobiellem Abbau widerstandsfähiger als ihre Ausgangsstoffe. Deshalb verbleiben Huminstoffe lange Zeit im Boden. Dort sind sie z.B. bedeutsam für die Bodenfruchtbarkeit.

Wechselspiel: Humifizierung - Mineralisierung
Zu welchem Anteil organische Substanz nun humifiziert oder mineralisiert wird, bestimmt ein standorttypisches Wechselspiel aus inneren (= endogenen) und äußeren (= exogenen) Faktoren. Zu den endogenen Faktoren zählen die Eigenschaften bzw. die Zusammensetzung des abzubauenden Materials. Exogene Faktoren sind z.B. die Bodeneigenschaften (z.B. Bodenreaktion bzw. pH-Wert, Feuchte, Temperatur, Sauerstoffgehalt bzw. Redoxpotential).